1、基因甲基化的检测方法主要有以下几种:甲基化特异性的PCR(Methylation-specific PCR,MSP)用亚硫酸氢盐处理基因组DNA,所有未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不变;随后设计针对甲基化和非甲基化序列的引物进行PCR。
2、通过电泳检测MSP扩增产物,如果用针对处理后甲基化DNA链的引物能得到扩增片段,则说明该位点存在甲基化;反之,说明被检测的位点不存在甲基化。
(资料图片)
3、2、亚硫酸氢盐测序法(Bisulfite sequencing PCR,BSP)用亚硫酸氢盐处理基因组DNA,则未发生甲基化的胞嘧啶被转化为尿嘧啶,而甲基化的胞嘧啶不变。
4、随后设计BSP引物进行PCR,在扩增过程中尿嘧啶全部转化为胸腺嘧啶,最后对PCR产物进行测序就可以判断CpG位点是否发生甲基化称为BSP-直接测序方法。
5、将PCR产物克隆至载体后进行测序,可以提高测序成功率,这种方法称为BSP-克隆测序法。
6、3、甲基化敏感扩增多态性(Methylation-Sensitive Amplified Polymorphism,MSAP)MSAP是利用对DNA甲基化敏感的两种同裂酶Hpa II和Msp I来对基因组DNA进行酶切和连接。
7、由于两种酶能够识别相同的限制性酶切位点,即CCGG位点。
8、当DNA序列中的CCGG位点出现不同程度的甲基化状态时,会分别被这两种酶识别,以有无产物的方式体现出来。
9、4、焦磷酸测序(Pyrosequencing)通过准确定量单个连续的CpG 位点上的甲基化频率,焦磷酸测序能检测并定量甲基化水平上的细微改变。
10、在序列延伸过程中,根据C和T的掺入量来定量确定单个位点的C-T比例。
11、因此,不同位点的甲基化变异就能被准确检测。
12、由于焦磷酸测序提供了真实的序列数据,甲基化状态也就以序列形式呈现。
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